Crédit d’impôt recherche : procédure de contrôle de l’affectation des dépenses à la recherche

L’article L. 45 B du LPF permet aux agents du ministère chargé de la recherche de vérifier la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d’impôt recherche (CIR), sans préjudice des pouvoirs de contrôle de l’administration fiscale qui demeure seule compétente pour procéder à des rectifications. L’article R. 45 B-1 du même livre prévoit les modalités d’exercice du contrôle de la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du CIR.

Le décret n° 2013-116 du 5 février 2013 modifie l’article R. 45 B-1 du LPF afin de préciser les modalités d’intervention des agents du ministère chargé de la recherche dans ce contrôle, au regard notamment de la conduite du débat contradictoire avec l’entreprise.

Comme antérieurement, l’agent chargé du contrôle peut se rendre sur place après l’envoi d’un avis de visite pour, notamment :

–      consulter les documents comptables, ainsi que tous les documents annexes ou justificatifs, en vue de s’assurer de la réalité des dépenses affectées à la recherche ;

–      effectuer toutes constatations matérielles, procéder à des vérifications techniques, en vue de s’assurer de la réalité de l’activité de recherche à laquelle les dépenses ont été affectées.

Par ailleurs, il est désormais précisé que :

–      l’intervention des agents du ministère chargé de la recherche peut résulter soit d’une initiative de ce ministère, soit d’une demande de l’administration des impôts dans le cadre d’un contrôle ou d’un contentieux fiscal  ;

–      la procédure de contrôle de la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses déclarées doit suivre les modalités suivantes :

        • l’agent chargé du contrôle doit envoyer à l’entreprise contrôlée une demande d’éléments justificatifs. L’entreprise doit répondre à cette demande dans un délai de trente jours, éventuellement prorogé de la même durée à sa demande, en joignant à sa réponse les documents nécessaires à l’expertise de l’éligibilité des dépenses dont la liste est précisée dans la demande d’éléments justificatifs : notamment, la déclaration spéciale, si elle n’avait pas été précédemment adressée au ministère chargé de la recherche pour chacune des années faisant l’objet du contrôle, les documents scientifiques et techniques nécessaires à l’appréciation de l’éligibilité des opérations de recherche réalisées en interne ou confiées à un prestataire, les justificatifs relatifs aux personnes affectées aux projets de recherche déclarés, les documents fiscaux et comptables relatifs aux dépenses déclarées ;
        • l’agent chargé du contrôle peut envoyer à l’entreprise contrôlée une demande d’informations complémentaires à laquelle celle-ci doit répondre dans un délai de trente jours ;
        • si les éléments fournis par l’entreprise en réponse à cette demande ne permettent pas de mener l’expertise à bien, l’agent chargé du contrôle peut envoyer à l’entreprise contrôlée une seconde demande d’informations, à laquelle celle-ci doit répondre dans un délai de trente jours. Dans ce délai, l’entreprise a la faculté de demander un entretien afin de clarifier les conditions d’éligibilité des dépenses ;
        • l’avis sur la réalité de l’affectation des dépenses à la recherche est émis par les agents chargés du contrôle au vu de la réponse de l’entreprise à la demande d’éléments justificatifs qui lui a été adressée et des documents que celle-ci a joints à sa réponse, et, le cas échéant, des réponses aux demandes d’informations complémentaires et des éléments recueillis à l’occasion des échanges avec l’entreprise lors de l’entretien dans les locaux de l’Administration ou de la visite sur place.

En cas de défaut de réponse aux demandes d’informations de l’agent chargé du contrôle, de communication des pièces justificatives demandées ou de production de ces éléments en cas de visite sur place, l’agent doit constater que l’affectation des dépenses à la recherche n’est pas justifiée. L’avis doit être notifié à l’entreprise et communiqué à la DGFIP. Il doit être motivé lorsque la réalité de l’affectation à la recherche de dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d’impôt est contestée.